Neposredni povod za osnivanje GSA je pokušaj novosadske policije 2005. godine da napravi popis LGBT osoba i prikupi što više ličnih podataka o njima. Kao odgovor na ovakav nezakonit čin policije, LGBT aktivista Boris Milićević organizuje kampanju kojom se informiše javnost o ovom pokušaju i u kojoj je više od 600 LGBT osoba, njihovih prijatelja i rođaka poslalo svoje lične podatke predsedniku Srbije, premijeru, predsedniku parlamenta i ministarstvima policije, pravde i ljudskih prava kao znak podrške LGBT populaciji u Srbiji i zaštiti njihovih ljudskih prava.

Nakon toga, 17. novembra 2005. godine u Beogradu, Milićević sa grupom prijatelja osniva Gej strejt alijansu. GSA je nastala po modelu američkih “Gay Straight Alliances”, organizacija koje deluju širom SAD na koledžima i u srednjim školama, a koje takođe okupljaju LGBT i heteroseksualne osobe sa ciljem inkluzije i što bolje socijalizacije LGBT populacije u obrazovnim sredinama.

GSA u fokus svog budućeg rada GSA stavlja lobiranje i zagovaranje prava LGBT osoba, istraživanja i analize položaja LGBT osoba u Srbiji i dokumentovanje slučajeva nasilja i diskriminacije.

Za svoje postojanje i izdržljivost u trenucima kada nije bilo nimalo lako zagovarati prava LGBT osoba, GSA svakako najviše duguje svom prvom predsedniku Borisu Milićeviću koji je ovu funkciju obavljao sve do sredine aprila 2010. godine kada podnosi ostavku. On u decembru te godine postaje član Glavnog odbora Socijalističke partije Srbije (SPS) i svoj angažman nastavlja kao prvi autovani političar u Srbiji i predsednik Saveta za civilno društvo i ljudska prava Izvršnog odbora te političke partije. Na mesto vršioca dužnosti predsednika Upravni odbor GSA 30. aprila 2010. godine bira Lazara Pavlovića, dotadašnjeg člana Izvršnog odbora GSA i LGBT aktivistu. Jednu od krucijalnih uloga u razvoju organizacije imala je osnivačica GSA i sadašnja izvršna direktorka Mirjana Bogdanović koja se u GSA angažuje na dnevnoj bazi početkom 2009. godine i kreira strategiju razvoja GSA, kao i strategiju njenog delovanja ka institucijama i političkim partijama.

GSA je od svog nastanka okupljala ljude sa iskustvom u društveno – političkom angažmanu, što je verovatno i jedan od osnovnih razloga zašto se GSA opredelila za način delovanja po kome je prepoznatljiva, tj. za proaktivnost u političkoj sferi. Prekretnica u delovanju GSA je svakako slučaj “Sava centar”, kada GSA postaje poznata široj javnosti nakon čega doživljava ekspanziju u svom razvoju.

GSA je u avgustu 2009. godine napravila još jedan iskorak u svom delovanju i kroz kampanju za povećanje broja članova/ica otvorila organizaciju za šire članstvo što je čini jednom od retkih u NVO sektoru u Srbiji koja funkcioniše na ovaj način.

GSA se od svog osnivanja finansira od projekata kojima konkuriše kod raznih donatora. Međutim, mnoge dosadašnje aktivnosti GSA je realizovala nevezano za projekte, bez budžeta ili od priloga svojih članica i članova. Važno je istaći i da je princip angažmana članova i članica do januara 2010. godine bio isključivo volonterski, tj. bez finansijske nadoknade, a od tog perioda u toku je proces profesionalizacije rada GSA.